Diagnostic microbiologique des écosystèmes aquatiques par Metabarcoding

Problématique / Besoin :

Face à l'augmentation des problèmes de santé liés à la qualité de l'eau, et dans le cadre de la nouvelle directive EAU POTABLE européenne 2020/2184 rendant obligatoire en janvier 2021 la mise en place de mesures pour assurer la bonne qualité de l'eau à la source, il est nécessaire d'avoir une vision complète et précise de la communauté microbienne présente dans l'eau. Cela permet de détecter la présence de pathogènes et d'organismes toxinogènes, mais aussi de suivre l'état de santé de l'écosystème aquatique. Les méthodes classiques d'inventaire, basées sur des analyses visuelles ou de mise en culture, sont insuffisantes et sous-estiment largement la diversité microbienne.

Méthode utilisée / Réponse apportée :

Microbia Environnement propose une solution basée sur la technique de Metabarcoding. Cette méthode, qui fait appel au séquençage haut-débit de l'ADN microbien présent dans l'eau et à l'analyse bioinformatique, permet d'obtenir une liste exhaustive et semi-quantitative des espèces microbiennes présentes. Elle permet également de suivre l'évolution de l'état de santé de l'écosystème grâce à l'identification d'organismes bioindicateurs. De plus, le Metabarcoding permet de détecter les changements spatiaux, l'impact d'une installation ou l'effet d'un traitement. Le coût de cette analyse dépend des sites et des biomarqueurs (bactéries, cyanobactéries, protozoaires), avec des forfaits adaptés pour plus de 8 échantillons.