Je travaille avec de l'ARN présent dans les effluents, cependant j'ai beaucoup d'inhibiteur. Comment pourrais-je faire pour les enlever?
Bonjour,
Les ARN sont relativements fragilent et ont tendance à se dégrader rapidement à température ambiante et même par congélation à -20°C. Généralement on les purifient avant de les stocker (pas éternellement) à -80°C.
Pour vous répondre plus efficacement, tout d'abord il faudrait savoir où se situent les ARN avec lesquels vous voulez travailler, dans le surnageant de l'effluent ou plustôt dans les microrganismes qui le composent ? Dans ces microorganismes, lesquels en particulier ? A partir de là, il faudrait les extrairent. Les manières d'extrairent sont multiples et varient d'un genre à un autre (bactéries, champignons, protozoaires, etc.) et au seins des genres (bactéries gram+, gram-, etc.). D'où la proposition de MACHEREY-NAGEL. Eux et leurs homologuent proposent des kits d'extraction d'ARN performant, en fonction de vos besoins et qui facilitent grandement la vie.
En supposant que vos ARN sont dans des microorganismes, je vous conseillerait dans un premier temps de concentrer ceux-ci, par centrifugation par exemple. Puis de laver ce concentra avec une solution permetant la survie des microrganismes. Il faudrait peut-étre travailler au froid pour réduire les activitées ARNases des enzymes. Aprés vous pouvez trier, peut-étre, vos microrganismes par cytométrie de flux avant de procéder à une extraction avec les kits qui vont bien.
En sommes, je vous conseille de vous rapprocher d'un producteur de kit d'extraction ou via votre technico-commercial de vendeur de consommables pour laboratoires préféré (de type Dominique Dutscher, VWR, Thermo-Fisher, etc.).
En vous souhaitant de la réussite dans votre projet !
Je travaille avec de l'ARN présent dans les effluents, cependant j'ai beaucoup d'inhibiteur. Comment pourrais-je faire pour les enlever?