La nanofiltration repose sur le même principe que l'osmose inverse. Leur différence : la limite de séparation est légèrement inférieure. Les ions dissous dans l'eau sont retenus en proportion moindre que lors d'une osmose inverse. Les frais d'exploitation sont également plus faibles. Les taux habituels de retenue du sel sont compris entre 80 et 85 %. A cette occasion, les ions polyvalents (par exemple Ca, Mg) sont davantage bloqués que les ions monovalents (par exemple Na, K), de sorte que les installations de nanofiltration sont également souvent utilisées en alternative à un adoucissement classique. Si un taux plus faible de retenue du sel est acceptable, les installations de nanofiltration représentent une alternative économique aux installations d'osmose inverse, étant donné que les installations de nanofiltration peuvent être utilisées avec des pression de service moindres. Une petite pompe de surpression peut alors être mise en place. Avantage : frais d'investissement plus réduits et, surtout, moins de dépenses en énergie ! Les frais d'exploitation sont nettement plus faibles que pour un adoucissement conventionnel, étant donné que les régénérations fréquentes et coûteuses sont totalement supprimées en cas de fortes teneurs en sel.
